Alle Klassen der Mittelschule werden als Ganztagsklassen geführt. Die Schüler/-innen sind also bis nachmittags an der Schule.

Der Pflichtunterricht ist auf Vormittag und Nachmittag verteilt. Über den ganzen Tag hinweg wechseln Unterrichtsstunden mit Übungs- und Studierzeiten sowie sportlichen, musischen und künstlerischen Aktivitäten. Fester Bestandteil sind zudem das Mittagessen und Freizeitmöglichkeiten. Die Kosten hierfür sind bereits mit dem Schulgeld abgedeckt.

Schriftliche Hausaufgaben entfallen. Zu Hause werden noch Vokabeln gelernt oder sich auf Leistungsnachweise vorbereitet.

• Montag bis Donnerstag täglich bis 16 Uhr
• Freitag bis 13 Uhr – die Kinder und Jugendlichen entscheiden eigenverantwortlich, ob sie sofort nach Hause gehen oder noch in der Schule zu Mittag essen.

• Ernährung und Soziales
• Wirtschaft und Kommunikation
• Technik

Zusätzlich gibt es an unserer Ganztagsschule an einem Nachmittag in den Jahrgangsstufen 8 und 9 den "Beruflichen Schwerpunkt".

Eine Spezialisierung auf ein Fach findet bei uns erst in der 9. Klasse statt. Die Jugendlichen haben mehr Zeit zur Orientierung.  

Wird Technik später als Prüfungsfach gewählt, können Schüler/-innen eine Zusatzqualifikation im CNC-Fräsen erwerben.

Um die Schüler/-innen bestmöglich auf ihre berufliche Praxis vorzubereiten, unterhält die Bischof Manfred Müller Mittelschule zahlreiche Kooperationen. So zum Beispiel mit:

• der Bundesagentur für Arbeit,
• zahlreichen handwerklichen Betrieben in der Oberpfalz und Niederbayern,
• vielen soziale Institutionen in der Oberpfalz und Niederbayern,
• sowie Wirtschaftsunternehmen in der Region.

Dort erhalten die Jugendlichen im Rahmen von Exkursionen oder Praktika einen umfassenden Einblick in die verschiedenen Berufsfelder.

In der Woche vor den Allerheiligen-Ferien und in der Woche vor den Pfingstferien sind die Klassen unterwegs:

• in der 5. Klasse zweimal eine Woche im Schuljahr in der näheren Umgebung,
• in der 6. Klasse einmal eine Woche in der näheren Umgebung,
• in der 7. Klasse eine "Bewegungswoche" im Winter,
• in der 8. Klasse eine Woche in unserer Hauptstadt Berlin,
• in der 9.Klasse eine Abschlussfahrt, beispielsweise an den Gardasee und  
• die 10. Klasse wird neu gebildet und geht gleich zum Schulstart eine Woche auf Fahrt, meistens auf ein Segelboot. 

• Erfolgreicher Abschluss der Mittelschule – dieser wird an Schüler/-innen verliehen, die die 9. Jahrgangsstufe erfolgreich abgeschlossen haben.
• Qualifizierender Abschluss der Mittelschule – dieser wird an Schüler/-innen verliehen, die sich am Ende der 9. Jahrgangsstufe freiwillig einer zusätzlichen Prüfung unterzogen und diese bestanden haben.
• Mittlerer Schulabschluss an der Mittelschule – für leistungsstarke Jugendliche wird eine M10-Klasse angeboten und damit die Möglichkeit, den mittleren Schulabschluss zu erwerben. Er berechtigt unter anderem zum Besuch der Fachoberschule (FOS).