An der Bischof Manfred Müller Schule wird als Erziehungs- und Bildungsplan der "Marchtaler Plan" verwendet, der für die katholischen Schulen der Diözese Rottenburg-Stuttgart entwickelt wurde. Herr Roman Mangold (Schulamtsdirektor i.K. in Rottenburg) setzte diesen Plan 1990, als erster in Bayern in die Praxis um, an der Franz-von-Assis-Schule in Augsburg.

An Marchtaler Plan Schulen gibt es keine ausgewiesenen Religionsstunden, sondern das Fach Katholische Religionslehre wird in die Vernetzung miteinbezogen. Das bedeutet, dass der Klassenlehrer auch der Religionslehrer ist. Der Vernetzte Unterricht im Marchtaler Plan denkt "von den Sachen her und fragt, was zur Erkenntnis einer größeren Wirklichkeit, zu der ganz selbstverständlich ihre religiöse und ethische Dimension gehören, vonnöten ist." (Marchtaler Plan, Rottenburg 2002, S. 16)
Die Inhalte der Staatlichen Lehrpläne für das Fach Katholische Religionslehre werden dabei voll eingebracht.

Zu Beginn einer neuen Woche steht an jeder Marchtaler Plan Schule der Morgenkreis. Er hat insbesondere die Aufgabe, dem Kind zu helfen, durch Sammlung und Konzentration zu sich selbst und zu Gott zu finden.

Zusätzlich gibt es an der Bischof Manfred Müller Schule in den verschiedenen Jahrgangsstufen weitere religiöse Schwerpunkte, häufig aus dem Bereich des Gelebten Glaubens.

Ich mach mich auf den Weg,
finde ganz neue Wege.
Gott kennt alle Wege,
geht meinen mit,
führt mich.
Amen.

Gebet von Klara in Klasse 3