An der Bischof Manfred Müller Schule wird als Erziehungs- und Bildungsplan der "Marchtaler Plan" verwendet, der für die katholischen Schulen der Diözese Rottenburg-Stuttgart entwickelt wurde. Er erhielt seinen Namen von der Kirchlichen Akademie der Lehrerfortbildung in Obermarchtal.

Unsere Schule stellt in der Regensburger Schullandschaft eine Alternative für diejenigen Eltern dar, die eine Erziehung auf der Grundlage eines christlichen Menschenbildes für ihr Kind bejahen.

Wir ermöglichen den uns anvertrauten Kindern eine Bildung, die sie befähigt, Verantwortung für sich, für andere und für unsere Welt zu übernehmen.

Das christliche Menschenbild prägt das gesamte schulische Leben der Bischof Manfred Müller Schule und wird von Schülern, Lehrern und Eltern gemeinsam getragen und verwirklicht.

Die Umsetzung der Erziehungs- und Lernziele des Marchtaler Plans hat Konsequenzen in der gesamten Unterrichtsarbeit und geschieht mittels der Strukturelemente Morgenkreis, Freie Stillarbeit, Vernetzter Unterricht und Fachunterricht. Die Strukturelemente bestimmen den Stundenplan der Kinder und Jugendlichen. Bezüglich der Lernziele folgen wir den Inhalten des staatlichen bayerischen Lehrplans.

Die Strukturelemente werden von den LehrerInnen jeweils ihrer eigenen Persönlichkeit und den Bedürfnissen der Klasse entsprechend verlässlich umgesetzt.